Apikotomija je kirurški zahvat kojim odstranjujemo vrh korijena zuba iznad ili ispod kojeg je nastao upalni proces. Za apikotomiju će se stomatolog odlučiti kada su korijenski kanali napunjeni lijekom, a liječenje ne daje zadovoljavajuće rezultate te zbog određenih razloga nije moguće adekvatno učiniti reviziju liječenja. Indikacija za apikotomiju su zavinuti korijenski kanali koji se ne mogu pravilno tretirati te se učestalo javljaju upale. 

Kirurškim zahvatom se odstrani vrh korijena, kanal se napuni lijekom do samog vrha korijena (apeksa zuba) i odstrani se prisutni upalni proces, cista. 

Sam zahvat započinje odizanjem gingive, kako bismo prikazali korijen zuba. Ukloni se vršak (apeks) korijena, zajedno sa prisutnim upalnim procesom. Korijen zuba se napuni lijekom do njegovog vrha i trajno zatvara. Zahvat apikotomije traje od 30 do 60 min, a ovisi o kompliciranosti zahvata. Gingiva se u području zahvata zatvara kirurškim koncima, koji se skidaju nakon 7-10 dana. 

Nakon apikotomije se pacijent treba pridržavati savjeta kirurga, izbjegavati pušenje ili ga svesti na minimum, konzumirati mekanu i kašastu hranu te provoditi dobru i adekvatnu oralnu higijenu.