Antibiotici se u stomatologiji koriste za liječenje upalnih stanja uzrokovanih bakterijama. Postoji nekoliko podjela antibiotika. Prema načinu djelovanja dijelimo ih na baktericidne koji uništavaju bakterije i bakteriostatske koji sprečavaju rast i razmnožavanje bakterija. Prema spektru djelovanja dijelimo ih na antibiotike širokog spektra ili uskog spektra djelovanja, a prema mehanizmu djelovanja na antibiotike koji djeluju na sintezu staničnog zida bakterije, na sintezu proteina bakterije, na sintezu nukleinske kiseline ili na metabolizam bakterije.

Lijek izbora u stomatologiji je penicilin, koji djeluje baktericidno i ima uzak (ali odgovarajući) spektar djelovanja uz nisku toksičnost. Postoje prirodni penicilini (fenoksimetilpenicilin) i polusintetski penicilini (ampicilin i amoksicilin). Vrlo često se u stomatologiji propisuje kombinacija amoksicilina i klavulanske kiseline, koja inhibira enzim beta-laktamazu zbog kojeg su neke bakterije otporne na antibiotike.

Pacijentima koji su alergični na penicilin uglavnom se propisuje klindamicin koji dobro prodire u kost, a u slučaju prisustva anaerobnih bakterija u terapiju se dodaje i metronidazol.

Većina endodontskih infekcija može se uspješno liječiti i bez primjene antibiotika,samim mehaničkim čišćenjem,dezinfekcijom i punjenjem korijenskih kanala, a na stomatologu je da kod pojedinog pacijenta pažljivo procijeni treba li uvoditi antibiotsku terapiju ili ne. Svakako treba uzeti u obzir postojanje povišene tjelesne temperature, limfadenopatije, širenja infekcije u meka tkiva, otekline, ili imunodeficijencije pacijenta.

Da bi se izbjegla rezistencija tj. otpornost mikroorganizama na antibiotike treba ih pažljivo propisivati, a pacijente uputiti da ih uzimaju točno onako kako je liječnik odredio,ne prekidaju terapiju u slučaju poboljšanja,ne koriste antibiotike iz vlastite ili tuđe kućne zalihe, te uz terapiju antibioticima uzimaju probiotik, kako bi se izbjegao dio nuspojava.